종합부동산세 합산배제 및
과세특례 신청
국세청은 매년 주택분 종합부동산세 특례 신청(신고)기간을 두고 있다.
대상자에게 미리 안내문을 발송하지만 누락될 가능성도 있으므로 지금이라도 스스로 확인해서 신청해야 한다.

글 이유정
정진회계법인 공인회계사
세무사 · 건축기사
Point 1
종합부동산세 합산배제 신고 대상
일정 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택, 주택신축용 토지 등은 종합부동산세 합산배제 신고 시 과세대상에서 제외된다.
임대주택 | 지자체 · 세무서 등록, 의무임대기간(10년 등), 임대료 증액상한(5%) 등 |
사원용 주택 | 공시가격 6억원 이하 또는 85m2 이하, 임대보증금이 주택 공시가격의 10%이하 등 |
주택신축용 토지 | 주택건설사업자가 주택건설을 위해 취득한 토지로서 취득일로부터 5년 이내주택법상 사업계획승인을 받을 예정인 토지 |
Point 2
1세대 1주택 과세특례 신청 대상
일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 및 부부공동명의 주택은 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식의 혜택을 적용받는다.
일시적 2주택 | 1세대 1주택자가 기존 주택을 양도하기 전 신규 주택을 대체 취득하여 과세기준일(6.1.) 현재 일시적으로 2주택이 된 경우로, 신규 주택 취득일로부터 3년 이내 기존 주택을 양도 |
상속 주택 | 과세기준일(6.1.) 현재 ① 상속개시일로부터 5년 미경과 또는 ② 상속지분이 전체 주택지분의 40% 이하 또는 ③ 상속지분 공시가격이 6억원 이하(수도권 외는 3억원 이하) 등 |
지방 저가주택 | 공시가격 3억원 이하, 수도권 밖이면서 광역시 · 특별자치시가 아닌 지역 소재 등 |
부부공동명의 주택 | 기본공제 12억원, 연령(만 60세 이상) 및 보유기간(5년 이상)에 따른 세액공제 (최대 80%) 적용 |
Point 3
중과세율 제외 특례 대상
올해 2024.1.10 ~ 2025.12.31까지 취득하는 소형 신축주택 또는 지방 준공 후 미분양주택 소유자는 특례를 신청하면, 이 주택들은 세율 적용 시 주택 수 계산에서 제외가 되어 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율을 적용받지 않을 수 있다.
소형 신축주택 | 전용면적 60m2 이하, 취득가액 6억원 이하(비수도권은 3억원 이하), 아파트 제외 등 |
지방 준공후 미분양주택 |
전용면적 85m2 이하, 취득가액 6억원 이하, 비수도권 소재 등 |
중과세율 | 3주택 이상자 중과세율 0.5%~5%, 2주택 이하자 세율 0.5%~2.7% |
Point 4
대상자는 국세청 신고 서둘러야
국세청은 지난 9월 16일부터 9월30일까지 합산배제 및 과세특례 신청기간을 운영하는 안내문을 발송했다. 하지만 국세청이 파악하지 못한 대상자가 있을 수 있다. 혹시 합산배제 및 과세특례신청 대상자이면서, 안내문을 받지 못한 사업자가 있으면 지금이라도 신청하면 된다.
지난해 필자는 재건축조합을 감사하다가 납부하지 않아도 되는 종합부동산세가 납부된 것을 발견하고, 종합부동산세 합산배제 대상이 됨을 알려서 환급받게 한 사례가 있었다. 그때도 합산배제 신청기간이 지났지만 경정청구로서 환급받을 수 있었다.

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관련조문
- 종합부동산세법 시행령 제3조, 제4조, 제4조의1~5, 제5조의2
참고도서
- 2024.09.11. 국세청 보도자료 인용